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拥有一头青色头发的男主角名字将叫作深井 青(フカイ·アオ，这名字在日语中带有“深青”的意义），是一名13岁少年。青的父亲兰顿·萨斯顿(Renton Thurston、レントン·サーストン)行踪不明，而母亲优莱卡(Eureka、エウレカ)也在10年前被美军带走了。由于继承了母亲的特殊基因，使得他能够看见人眼所不能看到的东西，如粒径为20nm大小的光粒子，红外线、紫外线等等（但在外太空这一特殊生理受到限制）。小时与诊疗所里的老医生深井 敏夫一同生活，现正在Generation Blue（蓝色世代）中。 女主角的名字将是阿拉塔·娜露，同样是13岁，是与青一同成长的青梅竹马。娜露因为童年时的事故而使拥有”ユタ”的力量(犹达，是日本冲绳以占卜为职业的灵媒师的名称)的眼睛醒觉。娜露有能够听懂珊瑚岩心声的特异功能，这是因为珊瑚岩的一部分在她体内成长，从某种程度上来说她和珊瑚岩存在部分融合，但正是因为这样，导致她自小身体虚弱，需要把氧气放入在手上的吸氧器，现与父亲、妹妹及祖母一同生活中。 本作的舞台也设定在冲绳的磐户岛上，当时的磐户岛正进行著自治权回复运动，但在某一天，在岛上出现的珊瑚岩受到了宿敌白细胞G-Monster的攻击，而为了保护磐户岛，男主角青与人型IFO（Intelligent Flying Object）相遇，并与G-Monster战斗的故事就此展开。。在右玉关，长期受到番军围攻的局势愈发岌岌可危。奸相严嵩把持下的朝政对此却坐视不管，毫无作为，导致守将杨选只能率部顽强抵抗，苦苦等待友军的粮草支援。就在右玉关即将陷入绝境之际，平安镖局的粮草在纷飞的战火中安全送达，这无疑为已断粮三天的右玉关带来了生的希望。副总镖头谷平安将押镖的粮草亲自交给杨选，彼此间的感激之情不言而喻。但在交接过程中，谷平安得知番军虽然近期未攻城，却向城内连续抛扔死尸，心中不禁生出警惕。 谷平安急忙赶到城门，察看这些被抛进城中的死尸。他发现每具尸体上都有着不同程度的黑斑，那是他毕生所见的黑斑病，这种传染性极强且病死率高的疾病让他心中升起了不祥的预感。谷平安与王兆兴一同前往城内的殓尸房，准备对尸体进行集中处理，越是深入，他们对番军借此手段将右玉关化为死城的企图越发坚定。随着黑斑病在右玉关迅速蔓延，感染人群不断增加，守将杨选不得不求助于右...。