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承接前一辑的《妙手仁心》，两年后，风流不羁的黎国柱与冷静聪明的江新月，为延续两人的爱情，保持着亲蜜爱人却不愿同居的两性关系。江新月的弟弟江满月因艾滋病发已逝世，离去前数月，满月于街上拾回小狗仔仔，成为轮流寄养于各人家中的小狗。张创业与周淑茵已婚且于英国定居，而乐观多言的张家裕与凌少霞则于非洲穷乡中从事医疗工作。当周遭各人各有离合时，程至美仍坚守着他的岗位及人生态度，拯救病人于死亡边缘，每天盼望着昏迷两载的女友唐姿礼醒过来。 一切在院长罗孝齐领导下，平淡如水，直至三位年青医生的加入，为原有这班人添加了欢笑及动力，从而对自我及生命有进一步的了解。 何心妍是富家女，跟同样出身豪门的风流医生林敏智本是恋人，但程至美的出现使她认识到什么才是细水长流的爱情。 黎国柱和助手阮朗平日夕相对，二人最终经不起诱惑，背着江新月发展另一段感情。后来阮朗平对江新月感万分歉疚，宁愿独自离开香港。不久，远方传来阮朗平怀孕的消息，黎国柱知道后即推测自己就是孩子的父亲，情急下向江新月自揭偷情真相。 杏林先锋再创生命奇迹，却无法抚平感情上的创伤。程至美和黎国柱这两位大国手，在医学上屡创奇迹，面对感情时却感到无能为力。。沙展唐飞（谢霆锋 饰）办案追求快狠准，行动极为猛烈。在追捕疑犯张日东时，卖命追车超车，最终引发一场连环车祸，张日东一伙除却张自己重伤昏迷，其他全部当场死亡，然而在车后厢，唐飞发现被自己飞弹射死的小女孩，不禁愕然。 二个月后，张日东苏醒，法院正式排期起诉他。检控官高敏（张静初 饰）正是当日被误杀的小女孩的母亲，与丈夫离婚的她如今把所有的爱都倾注在小女儿丁玲身上。活在愧疚感中的唐飞这两个月中也一直关注着丁玲，看见丁玲便又仿佛看见当日悲剧。 身体残疾面目可怖的洪荆（张家辉 饰）以帮人绑架并灭口来赚取金钱，这次他接到的任务是绑架丁玲以挟持高敏，让高敏盗取对张日东不利的证供。丁玲的被绑架撕碎了高敏的心，唐飞不求一切代价拼尽全力去追寻丁玲下落。 这些被事情串在一起的人们，都是当日那场连环车祸的受害者。每个人的生命都是在那日被改变，每个人背后都有自己不为外人道的故事，这会导出一个怎样的结局？丁玲能安然无恙地归来吗？。